C’est en l’an 1025 que des moines venus de l’abbaye de Savigny-en-Lyonnais (France) construisirent l’église et son bâtiment monastique, aujourd’hui disparu. De style roman, l’église était dotée de fenêtres plein cintre (arrondies en demi-cercle en leurs sommets) et, au fond du monument, d’une abside de forme carrée.

Un prieuré important dans le canton

Le monastère se limitait originellement à un simple cloître au sud de l'église. Ses bâtiments se développèrent aux XIIIe et XIVe siècles pour former un vaste complexe. Le prieuré de Lutry devint l’un des plus importants du canton. L'église, agrandie vers l’Occident, fut divisée en deux parties. Le chœur, propriété du cloître, avait pour patron Saint-Martin. La nef, à disposition de la paroisse, était consacrée à Saint-Clément.

Le cloître et ses dépendances

Les bâtiments au sud abritaient le cloître et ses galeries, la salle capitulaire, le réfectoire et le dortoir des moines, l'aumônerie, le four à pain, tandis qu'une galerie menait au lac (latrines). A l'est se situait la grande maison du prieur, la tour de Villette et l'hôpital du prieuré, logé dans une maison bourgeoise de la Grand-Rue. L'infirmerie, la communerie et la sacristanie se trouvaient dans l'îlot nord-est.

Une rénovation de trois ans

Les façades de l'église, entièrement décrépies au début du XXe siècle, ont bénéficié d'une restauration en 1986-88. Le recrépissage et le rétablissement des décors peints (encadrements et chaînes d'angles) lui ont rendu son apparence du XVIIIe siècle.